Управление Федеральной антимонопольной службы по Республике Башкортостан является территориальным органом Федеральной антимонопольной службы. Башкортостанское УФАС России действует на основании Положения о территориальном органе Федеральной антимонопольной службы, утвержденного приказом ФАС России от 23 июля 2015 года № 649/15 (с изменениями и дополнениями). В соответствии с данным Положением у территориального органа отсутствуют полномочия по внесению в Правительство Российской Федерации проектов федеральных законов, нормативных правовых актов Президента Российской Федерации.